El cactus peyote se encuentra diezmado debido una recolección incorrecta. Cuando se recoge el peyote, mucha gente saca de raíz la planta entera; pero ésto es innecesario y supone un desperdicio, ya que las raíces no contienen mescalina. Algunas de estas plantas han necesitado mucho tiempo para alcanzar ese tamaño (un cactus de tres pulgadas de diámetro puede tener más de 20 años).

Para recolectar peyote correctamente, el botón debe ser limpiamente decapitado, ligeramente por encima del nivel del suelo. Si se dejan las raíces intactas, se formarán nuevos brotes donde los antiguos fueron extirpados, y podrán ser recolectados de nuevo; los métodos incorrectos de cosecha han mermado seriamente la población de este cactus.

La mejor época para recolectar cualquier cactus es pasado un largo periodo de sequía; la peor, durante un periodo de lluvias o pasado éste. Lasplantas acumulan alcaloides durante las estaciones secas y hacen uso de ellos para crecer cuando llegan las lluvias. Si se recogen las plantas durante o tras una temporada de lluvias, los alcaloides pueden haber descendido por debajo del 50%.

Su potencia depende del tipo de suelo; si éste es rico en nitrógeno, probablemente las plantas serán ricas en alcaloides.

Debido a la presencia de varios alcaloides fenólicos, los cactus de peyote no se echan a perder fácilmente, y pueden conservarse frescos durante varias semanas después de su recolección; si se pretende conservarlos durante más tiempo, deben ser guardados en el frigorífico, congelados o secados. Las encimas que causan la descomposición de la planta recolectada también destruyen la mescalina y otros alcaloides. Para secar botones de peyote, déjalos en el exterior, al sol o en el horno a 250º F, hasta que estén completamente libres de humedad.